个体户注销但副本不见了，可以继续注销。但营业执照副本丢失可能会导致其他人滥用，造成利益损失，严重者甚至会损害个体户利益或名誉。可以向相关工商部门申请补失。首先请在报纸上刊登遗失声明，将执照副本号码写上面，声明作废，然后凭此到当地登记机关办理补发手续。申请个体工商户注销登记，应当提交下列文件：1、申请人签署的个体工商户注销登记申请书；2、个体工商户营业执照正本及所有副本；3、国家工商行政管理总局规定提交的其他文件。
【本文关联的相关法律依据】
《个体工商户登记管理办法》第十六条申请个体工商户注销登记，应当提交下列文件：
（一）申请人签署的个体工商户注销登记申请书；
（二）个体工商户营业执照正本及所有副本；
（三）国家工商行政管理总局规定提交的其他文件。