补交农村合作医疗的流程如下：
1、前往当地农村合作医疗管理部门咨询：可以前往当地的农村合作医疗管理部门（一般为当地的县级医保中心）咨询有关补缴的具体规定和流程；
2、缴纳漏交的医疗保险费用：根据当地的规定，需要按照漏交的医疗保险费用进行补缴。一般情况下，可以在当地的农村合作医疗管理部门缴纳未缴纳的医疗保险费用；
3、补缴手续：在缴纳医疗保险费用后，需要向当地的农村合作医疗管理部门提交相应的材料，如缴费证明、身份证明等，以办理补缴手续。
补交农村合作医疗需要满足以下条件：
1、具有农村合作医疗参保资格，即在参保范围内的农民；
2、已经缴纳了一定的医保费用，但未及时缴纳或者未缴纳完全；
3、没有享受过农村合作医疗报销待遇，或者享受过但是未能全部报销；
4、补交的时间在规定的有效期内，即在规定的时间内补交未缴纳的医保费用；
5、补交的金额正确并足额。
综上所述，不同地区的农村合作医疗管理部门可能有不同的补缴规定和流程。建议您在补缴前，咨询当地的农村合作医疗管理部门，了解具体的补缴流程和要求，以确保您的补缴手续顺利办理。
【法律依据】：
《中华人民共和国社会保险法》第三条
社会保险制度坚持广覆盖、保基本、多层次、可持续的方针，社会保险水平应当与经济社会发展水平相适应。
第四条
中华人民共和国境内的用人单位和个人依法缴纳社会保险费，有权查询缴费记录、个益记录，要求社会保险经办机构提供社会保险咨询等相关服务。个人依法享受社会保险待遇，有权监督本单位为其缴费情况。